Mit der Unterzeichnung eines «Memorandum of Understanding» institutionalisierten Anfang 2005 das Center for Theoretical Study (CTS), eine gemeinsame Organisation der Karls-Universität Prag und der Tschechischen Akademie der Wissenschaften, und das Collegium Helveticum ihre langjährige Zusammenarbeit. Neben dem wissenschaftlichen Austauschprogramm wird gemeinsam mit der Villa Lanna Group in Prag der jährliche Workshop «Science or Else?» organisiert.
Nach einer längeren Phase der losen Zusammenarbeit besteht seit Juni 2007 eine vertraglich fixierte, enge Partnerschaft mit der Stiftung Academia Engelberg. Die Academia Engelberg versteht sich als Brückenbauerin zwischen Wissenschaft und Gesellschaft. Vor diesem Hintergrund werden Veranstaltungen organisiert, in denen grundsätzliche Fragen der gesellschaftspolitischen, ethischen, ökonomischen und ökologischen Wirkung des Wissenschafts-Fortschritts behandelt werden. In den kommenden Jahren wird das Engagement durch die Programmplanung verschiedenster Veranstaltungen ausgebaut. Dadurch werden Synergien genutzt und die Wirkungskreise beider Institutionen erweitert.
Mit der Bank Sarasin & Cie AG betreibt das Collegium Helveticum den unabhängigen Thinktank W.I.R.E. (Web for Interdisciplinary Research and Expertise). Ausserdem erfolgt mit Anthropos, einer Institution der Universität Lausanne mit ähnlicher Ausrichtung wie das Collegium Helveticum, ein aktiver Gedankenaustausch.
Seit 2009 arbeitet das Collegium Helveticum innerhalb des Projektes «Translating Doping» mit der Humboldt-Universität Berlin (Institut für Sportwissenschaft) und der Technischen Universität Berlin (Institut für Philosophie, Literatur-, Wissenschafts- und Technikgeschichte) zusammen. «Translating Doping» ist ein Verbundprojekt des bundesdeutschen Ministeriums für Bildung und Forschung innerhalb der Ausschreibung «Übersetzungsfunktionen der Geisteswissenschaften». Neben den beiden Berliner Hochschulen und Vertretern des Collegium Helveticum arbeiten weitere Partner der Università di Udine, Università di Padova, der LMU München u.a. am transdisziplinären Projekt, das schwerpunktmässig die Übersetzung und Transformation der geistes- und naturwissenschaftlichen Zusammenhänge der Doping- und Enhancementdiskussion in gesellschaftlich relevantes, abfragbares und zielgruppenspezifisch verwertbares Wissen verfolgt.